Pondok Pesantren Darul Istiqomah memiliki lembaga-lembaga pendidikan formal yang meliputi:
- Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPQ)
- Tarbiyatul Athfal / Taman Kanak-kanak terpadu
- Madrasah Ibtidaiyah Terpadu yang berstatus: terakreditasi
- Madrasah Tsanawiyah Terpadu, yang mempunyai nilai akrediatasi “A”
- Madrasah Aliah Terpadu, yang mempunyai nilai akreditasi “B”
- Sekolah Menengah Kejuruan Negeri (SMKN)
